質問者が納得・ScanSnap S1500ではなくScanSnap S1300を使っていますが、概ね同じ状況と思われますのでコメントしておきます。
・サイズ、というのは「ファイルサイズ」なのか、「見かけの大きさ(iPad上で閲覧する際の大きさ)」なのか、どちらを指しているのかが分かりませんが、「ファイルサイズ」に関してはスキャンする際の解像度設定でほぼ決まりますので、閲覧する端末によって勝手に変わったりはしません。
またスキャンする際の設定でも特にipadに適した選択肢はS1300ではありませんでした。
まぁそれで...
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